Inspectoratul de Stat al Muncii ca organ de control de stat îşi are începutul în anul 1992 prin înființarea Departamentului Protecţiei Muncii al Republicii Moldova pe lângă Ministerul Muncii, Protecţiei Sociale si Familiei al Republicii Moldova (H.G. nr.61 din 31 ianuarie 1992).
Conform Hotărârii Guvernului Republicii Moldova nr.1199 din 09 decembrie 1998 „Cu privire la reorganizarea Departamentului Protecţiei Muncii pe lângă Ministerul Muncii, Protecţiei Sociale şi Familiei”, în Inspectoratul de Stat pentru Protecţia Muncii pe lângă Ministerul Muncii, Protecţiei Sociale şi Familiei.
Director al Departamentului Protecției Muncii și Șef al Inspectoratului de Stat pentru Protecția Muncii în perioada 1992 – 2002 a fost Dl Tudor DASCĂL.
Respectând cerinţele Convenţiilor Organizației Internaționale a Muncii și în scopul armonizării legislaţiei naţionale cu normele de drept internaţional și legislaţiei Comunitații Statelor Europene, Parlamentul Republicii Moldova a adoptat la 10 mai 2001 Legea nr.140-XV privind Inspecţia Muncii. Prin Hotărârea Guvernului nr.1481 din 27 decembrie 2001 „Cu privire la reorganizarea Inspectoratului de Stat pentru Protecţia Muncii pe lângă Ministerul Muncii și Protecţiei Sociale”, Inspectoratul de Stat pentru Protecţia Muncii a fost reorganizat în Inspecţia Muncii subordonată Ministerului Muncii și Protecţiei Sociale.
Începând cu 11 ianuarie 2002 în funcția de Inspector General de Stat al Muncii și în prezent Director al Inspectoratului de Stat al Muncii este Dl Dumitru STĂVILĂ.
În urma reorganizării Ministerului Muncii și Protecţiei Sociale, conform Hotărârii Guvernului nr.357 din 23 aprilie 2005 „Privind măsurile de reorganizare a unor ministere şi autorităţi administrative centrale ale Republicii Moldova”, precum şi Hotărîrii Guvernului nr.549 din 30 aprilie 2008 „Cu privire la aprobarea structurii şi efectivului-limită ale Ministerului Economiei şi Comerţului”, Inspecţia Muncii devine subdiviziune a Ministerului Economiei şi Comerţului.
Prin Hotărârea Guvernului nr.691 din 17.11.2009 „pentru aprobarea Regulamentului privind organizarea și funcționarea Ministerului Muncii, Protecției Sociale și Familiei, structurii și efectivului-limită ale aparatului central al acestuia”, Inspecția Muncii revine în subordinea Ministerului Muncii, Protecției Sociale și Familiei.
Prin Legea nr.139 din 14 iunie 2013 denumirea autorităţii administrative a fost modificată în Inspectoratul de Stat al Muncii.
în temeiul Hotărârii Guvernului nr. 117 din 12 august 2021 cu privire la restructurarea administrației publice centrale de specialitate, Inspectoratul de stat al Muncii revine în subordinea Ministerului Muncii și Protecției Sociale.